Le collezioni naturalistiche presenti nel Museo afferiscono alle scienze zoologiche, geologiche, paleontologiche e mineralogiche. L’intero patrimonio supera 200.000 reperti custoditi secondo le principali metodologie museali e per la ricerca scientifica.

L’attività di catalogazione ha permesso di realizzare delle banche dati informatizzate per una migliore cura e gestione del patrimonio. Il Database vertebratologico consta di circa 9.000 esemplari, prevalentemente ornitologica, per un totale di oltre 500 specie comprendente quasi tutte le specie europee.

Il Database entomologico permette la gestione di oltre 1200 scatole entomologiche contenenti oltre 150.000 esemplari rappresentanti circa 5.000 specie prevalentemente raccolte in Sicilia.

Il Database malacologico permette la gestione di circa 45.000 lotti riguardanti Molluschi raccolti in varie parti del mondo per un totale di oltre 7.000 specie.

Il Database mineralogia è costituito da oltre 300 reperti di varia origine. Il Database paleontologico è in preparazione.

Gruppo di catalogazione:
Bommarito Salvatore, Calì Lorenzo, Lo Valvo Fabio, Randazzo Rosangela.